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在地居民與環團反對第三天然氣接收站與工業港蓋在珍貴藻礁生態上，雖然最後外推到更外海，但他們仍認為帶來不可逆的破壞，也不滿內政部海岸管理審查會審議案件時無視破壞，讓案件過關，為此提起行政訴訟。最高行政法院20日判決出爐，撤銷審議結果。
珍愛藻礁公投領銜人潘忠政回應，「它雖然是遲來的正義，但是我們還是肯定最高行政法院這個睿智的判決。在環保運動上我們的努力與堅持，有時候還是會被有智慧有遠見的人看見的。」
潘忠政認為，行政部門審議本案有非常多違法的部分；協助訴訟的律師則指出，開發案不應在觀新藻礁野保區周遭填海造地，也不該違背《海岸管理法》的精神。
蠻野心足生態協會專職律師蔡雅瀅認為，「它雖然沒有直接填海保育區，可是你在5公里，其實它還是會影響到它的生態。《海岸管理法》自己講到說自然海岸零損失，那我們認為零損失其實是一個還蠻明確的要求，你不能去輕易去犧牲自然海岸。」
環團呼籲內政部重新審議做出處分時，應不予許可。中油公司表示，案件不涉及核心施工區域海岸利用許可，不影響目前三接外擴防坡堤施工；上午出席環境部部慶活動的董事長方振仁，也做出簡短回應。
中油公司董事長方振仁表示，「我們會跟被訴人也就是內政部會去做緊密的聯繫，如何對於後續的一個因應，會做一個完善的處理。」
內政部長劉世芳回應，「我們尊重最高行政法院的最後的裁決，會依這個《海岸管理法》再提海審會，讓它能夠合乎最高行政法院判決裡面的內容。」
部長劉世芳表示，案件2018年在當時的營建署審議通過，業務目前移轉到國家公園署；國家公園署也回應表示深感意外，除尊重司法判決結果，後續會請中油提供資料，研議處理程序。